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Nanoporetech說明書
產(chǎn)品時(shí)間：2022-09-15
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Nanoporetech
牛津納米孔測序
傳統(tǒng)的短讀技術(shù)
全面的基因組表征
長測序讀數(shù)
長和超長讀?。ǜ哌_(dá) 4 Mb）可以解決復(fù)雜的基因組畸變
在單一測序分析中準(zhǔn)確識(shí)別和定相單核苷酸變異、結(jié)構(gòu)變異和堿基修飾
生成和比較高度準(zhǔn)確的基因組，并糾正現(xiàn)有的參考基因組
有限的基因組表征
短測序讀數(shù)通常不跨越重要類別的基因組畸變，例如大的結(jié)構(gòu)變異和重復(fù)區(qū)域，而是依靠間接推斷和/或復(fù)雜的計(jì)算分析來檢測它們。傳統(tǒng)測序技術(shù)對(duì)擴(kuò)增的要求也會(huì)引入序列偏差并去除堿基修飾。結(jié)果，僅可以鑒定樣品中存在的一小部分基因組變異。
靈活和按需
按需排序
適用于所有基因組和項(xiàng)目規(guī)模的可擴(kuò)展、經(jīng)濟(jì)實(shí)惠的設(shè)備
使用PromethION生成 TB 級(jí)數(shù)據(jù)— 同時(shí)或獨(dú)立使用多達(dá) 48 個(gè)大容量流通池，以滿足您的樣品可用性和實(shí)驗(yàn)室要求
使用GridION以高通量對(duì)較小的基因組進(jìn)行測序或?qū)^大的基因組進(jìn)行低通測序
發(fā)現(xiàn)納米孔測序的優(yōu)勢并使用MinION開展試點(diǎn)項(xiàng)目，僅需 1,000 美元，包括流動(dòng)槽和測序試劑
在使用Flongle進(jìn)行大規(guī)模研究之前執(zhí)行樣品 QC ，流動(dòng)池每個(gè) 90 美元
靈活性有限
傳統(tǒng)的高通量臺(tái)式測序設(shè)備需要大量的基礎(chǔ)設(shè)施要求和費(fèi)用——將它們的使用限制在資源充足的集中位置。為了獲得優(yōu)良效率，通常需要進(jìn)行樣品批處理，這可能會(huì)導(dǎo)致周轉(zhuǎn)時(shí)間較長。
簡化的工作流程
易于自動(dòng)化的工作流程
在短短 10 分鐘內(nèi)準(zhǔn)備好用于測序的DNA 樣本，包括多路復(fù)用
適用于大規(guī)模群體基因組學(xué)項(xiàng)目的易于自動(dòng)化的樣品制備試劑盒和方案
低 DNA 輸入要求
使用模塊化PromethION和GridION在單個(gè)設(shè)備上同時(shí)運(yùn)行多項(xiàng)分析——全基因組、靶向和全長 RNA測序
繁瑣的工作流程
通常，冗長的樣品制備要求和較長的測序運(yùn)行時(shí)間會(huì)降低工作流程效率并增加周轉(zhuǎn)時(shí)間。
實(shí)時(shí)數(shù)據(jù)流
快速訪問結(jié)果
分析生成的數(shù)據(jù)以獲得即時(shí)洞察力
使用自適應(yīng)采樣進(jìn)行實(shí)時(shí)靶向測序，增強(qiáng)特定基因組區(qū)域的覆蓋率
當(dāng)產(chǎn)生足夠的數(shù)據(jù)時(shí)停止測序——清洗并重復(fù)使用流動(dòng)槽
修復(fù)了批量數(shù)據(jù)交付的運(yùn)行時(shí)間
獲得結(jié)果的時(shí)間增加并且無法識(shí)別工作流程錯(cuò)誤，直到為時(shí)已晚，加上處理大量批量序列數(shù)據(jù)的額外實(shí)際復(fù)雜性。
皮書
對(duì)大基因組的新見解
了解世界各地的研究人員如何利用長納米孔測序讀數(shù)來支持跨許多不同物種生成高度準(zhǔn)確和連續(xù)的染色體級(jí)基因組組裝。由于能夠生成超過 4 Mb 的讀取長度，納米孔測序讀取能夠*解析具有挑戰(zhàn)性的基因組區(qū)域，從而能夠識(shí)別以前隱藏的基因組變異——為進(jìn)化和疾病關(guān)聯(lián)提供新的見解。
在我們的資源中心查找更多關(guān)于使用納米孔測序進(jìn)行大規(guī)模群體基因組學(xué)研究的出版物。
群體基因組學(xué)資源
群體基因組學(xué)皮書
下載皮書
PromethION 上的群體基因組學(xué)測序
閱讀出版物
案例分析
結(jié)構(gòu)變異及其對(duì)表型、疾病和種群適應(yīng)的影響
為了對(duì)中國人群進(jìn)行更全面的基因組表征，Wu等人。使用由高通量 PromethION 設(shè)備提供的長納米孔測序讀數(shù)對(duì) 405 個(gè)人進(jìn)行了大規(guī)模分析。該團(tuán)隊(duì)確定了 132,312 個(gè)結(jié)構(gòu)變體 (SV)，其中 53% 是新的。此外，他們確定了新的 SV 與表型和疾病的關(guān)聯(lián)，包括身高和貧血。
'我們的研究的細(xì)節(jié)揭示了人類 SV 的復(fù)雜景觀，并為它們在表型、疾病和進(jìn)化中的作用提供了新的見解'
吳，Z。等人。bioRxiv 430378 (2021)。
在我們的調(diào)查頁面中了解納米孔測序如何實(shí)現(xiàn)全面的變異檢測——從 SNV 和定相，到 SV 和堿基修飾。
結(jié)構(gòu)變異
查看所有應(yīng)用程序
卡倫米加，UCSC，美國
閱讀論文
觀看視頻
案例分析
*人類基因組的空白
在人類基因組初稿宣布完成近 20 年后，仍有大片區(qū)域（高達(dá)基因組的 8%）難以使用傳統(tǒng)測序技術(shù)進(jìn)行分析。為了最終兌現(xiàn)人類基因組學(xué)和個(gè)性化醫(yī)療的承諾，研究人員和聯(lián)盟，例如端粒到端粒 (T2T) 聯(lián)盟，正在利用長納米孔測序讀數(shù)來完成人類基因組，跨越重要的、高度重復(fù)的區(qū)域，如著絲粒和端粒，加上大的結(jié)構(gòu)變體。迄今為止，T2T 聯(lián)盟已經(jīng)為人類 X 和 8 號(hào)染色體提供了完整、無間隙的組裝和新穎的功能見解——包括對(duì) DNA 甲基化和核苷酸序列的綜合分析。
'完成整個(gè)人類基因組現(xiàn)在觸手可及'
米加等人。自然 585（2020 年）。
在我們的皮書中了解研究人員如何利用長納米孔測序讀數(shù)來發(fā)現(xiàn)以前隱藏的基因組變異并提供更連續(xù)的人類基因組。
人類遺傳學(xué)皮書
群體基因組學(xué)資源
開始使用
群體基因組學(xué)的可擴(kuò)展測序
納米孔測序具有的可擴(kuò)展性——從便攜式 Flongle 和 MinION 設(shè)備（非常適合樣品 QC 和試點(diǎn)研究）到高通量臺(tái)式 GridION 和 PromethION 平臺(tái)，它們提供快速且經(jīng)濟(jì)實(shí)惠的高產(chǎn)量高質(zhì)量數(shù)據(jù)訪問大規(guī)模人口基因組學(xué)項(xiàng)目。
比較產(chǎn)品
群體基因組學(xué)的高測序產(chǎn)量
推薦用于群體基因組學(xué)
PromethION 48
PromethION 48 將多達(dá) 48 個(gè)可獨(dú)立尋址的大容量流通池與強(qiáng)大的集成計(jì)算相結(jié)合，可提供靈活的按需訪問太堿基測序數(shù)據(jù)——非常適合大規(guī)模群體基因組學(xué)項(xiàng)目。
Q20+ 化學(xué)，單分子準(zhǔn)確度達(dá)到 99% 及更高
用于 Q20+ 原始讀數(shù)準(zhǔn)確性的 Kit 14 化學(xué)試劑包括更新的測序酶和新的 R10.4.1 納米孔。這種化學(xué)方法為 SNP 和 INDEL 評(píng)分等測量的納米孔測序提供了較高精度，以及 5-甲基 C 的金標(biāo)準(zhǔn)性能。它是一種高精度、高輸出的化學(xué)品，能夠在三種運(yùn)行條件下運(yùn)行：
準(zhǔn)確性
默認(rèn)
輸出
通過操作軟件 MinKNOW 設(shè)置的每個(gè)運(yùn)行條件，使 DNA 以不同的易位速度通過孔，根據(jù)需要平衡更高準(zhǔn)確度或更高產(chǎn)量的要求 - 同時(shí)提供 Q20 或更高的單工讀數(shù)。所有條件都與雙鏈讀取兼容，來自 DNA 分子兩條鏈的數(shù)據(jù)結(jié)合在一起，單分子準(zhǔn)確度約為 Q30 或更高。雙工方法已經(jīng)展示了長達(dá) 72 kb 的讀取，Q30 讀取長度為 260 kb。
Kit 14 化學(xué)簡化了 Oxford Nanopore 提供的試劑盒，確保用戶在選擇如何回答他們的生物學(xué)問題時(shí)無需在較高輸出或較高準(zhǔn)確度之間做出上游選擇。
具體應(yīng)用
在推出 Kit 14 化學(xué)品的同時(shí)，替代解決方案可以更好地服務(wù)于某些應(yīng)用。請(qǐng)點(diǎn)擊以下鏈接了解更多詳情
RNA測序
為簡化 cDNA 制備或直接 RNA 測序而優(yōu)化，閱讀更多關(guān)于我們的 RNA 測序產(chǎn)品的信息。
SARS-CoV-2測序
支持 ARTIC 協(xié)議，Midnight 提供了一種簡單、快速的 SARS-CoV-2 基因組測序方法，每個(gè)樣本的成本較低，了解開始對(duì) SARS-CoV-2 病毒進(jìn)行納米孔測序所需的知識(shí)。
16S測序
用于微生物 16S 測序和屬級(jí)細(xì)菌鑒定的多重試劑盒
現(xiàn)場測序
擺脫對(duì)冷鏈的依賴，帶著我們的凍干現(xiàn)場測序試劑盒離開實(shí)驗(yàn)室
現(xiàn)在有空
Oxford Nanopore Kit 14 化學(xué)試劑支持一系列樣品制備方法，隨著時(shí)間的推移，更多的試劑盒功能被推出：
Ligation Sequencing Kit V14 (SQK-LSK114)和Ligation Sequencing Kit XL V14開放搶先體驗(yàn)
快速化學(xué)和原生條形碼試劑盒 14 個(gè)選項(xiàng) - 即將推出
超長和擴(kuò)增套件選項(xiàng) - 即將于 2022 年推出
了解有關(guān) Oxford Nanopore 產(chǎn)品發(fā)布階段的更多信息，包括早期訪問階段
了解社區(qū)如何使用 Q20+
Miten Jain：使用 R10.4.1 和 Kit 14 進(jìn)行人類基因組組裝和分析
美國加利福尼亞大學(xué)圣克魯茲分校的 Miten Jain 團(tuán)隊(duì)一直在評(píng)估最近在讀取長度、準(zhǔn)確性和軟件方面的改進(jìn)，用于超快速、基于納米孔的全基因組測序分析。在此特別關(guān)注 Kit 14，Miten 展示了在本次演講前幾天生成的數(shù)據(jù)，顯示在單個(gè) PromethION 流動(dòng)槽中生成了超過 140 Gb 的測序數(shù)據(jù)。與以前的化學(xué)相比，這種高輸出是通過更低的 DNA 和文庫輸入要求實(shí)現(xiàn)的。還強(qiáng)調(diào)了原始讀取準(zhǔn)確性的顯著提高，特別是在均聚物區(qū)域中，其中準(zhǔn)確調(diào)用了大約 20 個(gè)堿基的長度。
該團(tuán)隊(duì)目前正在使用最新的納米孔化學(xué)和流動(dòng)細(xì)胞生成他們的第一個(gè)人類基因組組件；然而，使用剪切基因組 DNA 的初步結(jié)果達(dá)到了超過 20 Mb 的 NG50 分?jǐn)?shù)。他們還在評(píng)估雙鏈數(shù)據(jù)的使用，并開發(fā)進(jìn)一步的變體調(diào)用和甲基化分析工具。根據(jù)此處介紹的進(jìn)展，Miten 得出結(jié)論，“分階段的 Q40+ 精度從頭組裝可能是可以實(shí)現(xiàn)的"。
Alexander Wittenberg：使用 Q20+ 化學(xué)方法提高作物基因組組裝的準(zhǔn)確性
Alexander 是荷蘭 KeyGene 的長期工作人員，介紹了他們?nèi)绾伍_發(fā)一個(gè)全面的計(jì)算工具集，以“的規(guī)模"執(zhí)行作物基因組分析，包括從頭組裝、變異檢測和數(shù)據(jù)可視化。KeyGene 的團(tuán)隊(duì)一直在評(píng)估 Q20+ 化學(xué)和 R10 納米孔對(duì)幾種植物物種的性能，以及利用植物訓(xùn)練的堿基識(shí)別模型的影響。后者的影響可以在他們的玉米全基因組測序數(shù)據(jù)中看到，觀察到原始讀取準(zhǔn)確度提高了 2.5%。前者出現(xiàn)在生菜的結(jié)果中，內(nèi)部 STL 組裝器顯示出好的組裝指標(biāo)，還有甜瓜。他們利用甜瓜基因組進(jìn)行了世界的僅雙鏈組裝，
Mantas Sereika：Nanopore R10.4 可實(shí)現(xiàn)近乎的細(xì)菌基因組
丹麥奧爾堡大學(xué)的 Mantas 在這里展示了關(guān)于微生物模擬群落樣本的 R10.4 Q20+ 納米孔序列數(shù)據(jù)。憑借 99.1% 的模態(tài)原始讀取準(zhǔn)確度，以及與 R9.4.1 數(shù)據(jù)相比改進(jìn)的均聚物調(diào)用，他認(rèn)為通過足夠的覆蓋率和一致拋光基因組中的所有均聚物應(yīng)該是可解析的。這種趨勢在復(fù)雜的宏基因組樣本中繼續(xù)存在，與 R9.4.1 相比，從厭氧消化污泥中提取的 DNA 顯示出改進(jìn)的均聚物調(diào)用 - 在 8 到 10 或更低的均聚物長度之間，“宏基因組組裝基因組中的大多數(shù)均聚物似乎是正確調(diào)用'。最后，在他們的模擬社區(qū) R10.4 Q20+ 序列數(shù)據(jù)中對(duì) Duplex 讀取進(jìn)行評(píng)論，由于模態(tài)雙工讀取準(zhǔn)確度為 99.9% (Q30) 準(zhǔn)確度，繪制原始讀取準(zhǔn)確度“基本上破壞了我們的 R 腳本"。
at101 SEA 100ug toxin特約實(shí)驗(yàn)試劑 toxin北京實(shí)驗(yàn)試劑toxin上海實(shí)驗(yàn)試劑 toxin南京實(shí)驗(yàn)試劑 toxin武漢實(shí)驗(yàn)試劑
bt202 SEB 1mg toxin特約實(shí)驗(yàn)試劑 toxin江蘇實(shí)驗(yàn)試劑toxin湖北實(shí)驗(yàn)試劑 toxin安徽實(shí)驗(yàn)試劑 toxin合肥實(shí)驗(yàn)試劑
dt303 SED 100ug toxin特約實(shí)驗(yàn)試劑 toxin南寧實(shí)驗(yàn)試劑toxin浙江實(shí)驗(yàn)試劑 toxin吉林實(shí)驗(yàn)試劑 toxin哈爾濱實(shí)驗(yàn)試劑
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其他的這些是菌株
71-097L moltox天津?qū)嶒?yàn)試劑，moltox浙江實(shí)驗(yàn)試劑，moltox江西實(shí)驗(yàn)試劑，moltox福建實(shí)驗(yàn)試劑，moltox廣東實(shí)驗(yàn)試劑
71-098L moltox青海實(shí)驗(yàn)試劑，moltox河南實(shí)驗(yàn)試劑，moltox河北實(shí)驗(yàn)試劑，moltox山西實(shí)驗(yàn)試劑moltox陜西實(shí)驗(yàn)試劑
71-100L moltox黑龍江實(shí)驗(yàn)試劑，moltox吉林實(shí)驗(yàn)試劑moltox遼寧實(shí)驗(yàn)試劑，moltox廣東實(shí)驗(yàn)試劑，moltox廣西實(shí)驗(yàn)試劑
71-102L moltox云南實(shí)驗(yàn)試劑，moltox海南實(shí)驗(yàn)試劑，moltox貴州實(shí)驗(yàn)試劑，moltox湖北實(shí)驗(yàn)試劑，moltox湖南實(shí)驗(yàn)試劑
71-1535L moltox中國臺(tái)灣實(shí)驗(yàn)試劑，moltox海南實(shí)驗(yàn)試劑，moltox廣西實(shí)驗(yàn)試劑，moltox河北實(shí)驗(yàn)試劑，moltox河南實(shí)驗(yàn)試劑
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